1991年〜

1987年以降は基本的には01系への置換えにより編成ごとに廃車する形をとっている。
唯一G38、G39編成は91年の廃車時に編成組替が行われ、新たなG69編成として1500N2を2ユニット組み込んだ形態となった。
編成組換はこの新69編成が最後となり、記録上は上記編成のまま93年の形式廃車まで運用されていたとされる。

編成番号は01系の増備再開に伴い90〜91年頃3度目の振り直しが行われており、2000形は50番台とし従来番号に+30した番号となった。

最大運行数35編成/運行予備4編成/入場予備1編成/新造車代替分1編成（推測）

丸ノ内線は組成に変更はないが、本線へ02系が増備された事に伴い編成番号の割り当てが変更されている。
当初は02系に80番台を割り当てていたようであるが、91〜92年頃に+20し、分岐線車両が80番台を名乗る形に変更している。

また、丸ノ内線は90年頃に前面胴受部分に編成番号を記載するようになり、僅かな期間ながら60番台の番号が記載されていた時期もある。

最大運行本数5編成/運行予備1編成